Christoph Mehler leitete von 2006 bis 2009 die Spielstätte „Box und Bar“ am Deutschen Theater Berlin und war von 2011 bis 2014 Hausregisseur am Schauspiel Frankfurt. Seine „Woyzeck“-Inszenierung am Staatstheater Nürnberg, wo er regelmäßig inszeniert, wurde mit dem Preis für die beste Produktion bei den 30. Bayerischen Theatertagen ausgezeichnet. Darüber hinaus entstanden Regiearbeiten beispielsweise am Deutschen Nationaltheater Weimar, Deutschen Theater Göttingen, Theater Augsburg, Schauspielhaus Wien, Theater Dortmund, Theater Ingolstadt und an den Staatstheatern Braunschweig, Mainz und Darmstadt. Seit 2015 ist er außerdem Gastdozent der Regieklasse an der HfMDK Frankfurt. Seit der Spielzeit 2023/24 ist er Schauspieldirektor am Staatstheater Saarbrücken.